Trước khi Pháp xâm chiếm Sài Gòn năm 1859, có một chợ nhỏ nằm ở khu đất đồng lầy kề bên bờ sông Bến Nghé và sát thành Sài Gòn. Từ xuất xứ ấy mà chợ đã mang tên ghép là Bến Thành. Chợ được xây bằng gạch, khung gỗ, lợp tranh. Năm 1870, chợ bị cháy một phần. Năm 1911, chợ cũ bị phá đi, chợ mới được xây khang trang rộng rãi hơn và hoàn thành vào tháng 3/1914.

Sau năm 1975, chợ Bến Thành lại được đầu tư nâng cấp to đẹp lên rất nhiều so với trước. Năm 1985, chợ Bến Thành được sửa chữa lại toàn bộ bên trong, bên ngoài, duy chỉ có dáng vẻ phía trước với tháp đồng hồ được giữ lại như xưa. Hình ảnh chợ Bến Thành với tháp đồng hồ thường được dùng làm biểu tượng cho thành phố.
Giờ đây chợ Bến Thành là một trung tâm buôn bán lớn không chỉ của TP Hồ Chí Minh mà còn của các tỉnh phía Nam.